无源锁模的具有饱和吸收器的激光器（尤其是固态激光器），具有Q开关的不稳定性。在有些情况下，Q开关锁模会得到具有相对稳定参数的脉冲光束，但有时脉冲参数存在很大的涨落。通常情况下如果选取参数所需光束周期长时性能会不稳定，并且脉冲光束间的脉冲能量非常低。在这种情况下，每一光束中的脉冲由自发辐射产生，脉冲参数不能达到一个稳定状态，因为一个光束对应的时间为往返谐振腔几个环路的时间。 

词条Q开关锁模中讨论了抑制Q开关不稳定性的方法，也就是采用一定的脉冲能量来实现稳定连续波锁模。在有些脉冲参数取值范围内，例如超高脉冲重复速率或者输出功率高时，考虑到脉冲时间，这种方法很难实现，至少需要在某些方面做一些妥协。 

锁模激光器中还存在其它类型的不稳定性，在实验中与Q开关不稳定性很难区分，但是它们来源（例如，饱和吸收器的恢复时间太长）不同，因此需要采用不同的方法抑制。